Sus principales funciones son:
Llevar el control de usuarios: cuando un usuario introduce su nombre de usuario y contraseña, se almacena una cookie para que no tenga que estar introduciéndolas para cada página del servidor. Sin embargo, una cookie no identifica a una persona, sino a una combinación de computador-navegador-usuario.
Conseguir información sobre los hábitos de navegación del usuario, e intentos de spyware (programas espía), por parte de agencias de publicidad y otros. Esto puede causar problemas de privacidad y es una de las razones por la que las cookies tienen sus detractores.
Originalmente, solo podían ser almacenadas por petición de un CGI desde el servidor, pero Netscape dio a su lenguaje Javascript la capacidad de introducirlas directamente desde el cliente, sin necesidad de CGIs. En un principio, debido a errores del navegador, esto dio algunos problemas de seguridad. Las cookies pueden ser borradas, aceptadas o bloqueadas según desee, para esto solo debe configurar convenientemente el navegador web.
Las cookies son utilizadas habitualmente por los servidores de aplicaciones para diferenciar usuarios y para actuar de diferente forma dependiendo de éstos. Las cookies se inventaron para ser utilizadas en una cesta de la compra virtual, que actúa como dispositivo virtual en el que el usuario va "colocando" los elementos que desea adquirir, de forma que los usuarios puedan navegar por el sitio donde se muestran los objetos a la venta y añadirlos y eliminarlos de la cesta de la compra en cualquier momento. Las cookies permiten que el contenido de la cesta de la compra dependa de las acciones del usuario.
Un uso de las cookies es identificarse en un sitio web. Los usuarios normalmente se identifican introduciendo sus credenciales en una página de validación; las cookies permiten al servidor saber que el usuario ya está validado, y por lo tanto se le puede permitir acceder a servicios o realizar operaciones que están restringidas a usuarios no identificados.
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